Il castrum di Ponticelli è situato sul fianco di una collina, propaggine dei Monti Sabini, ad una decina di chilometri ad oriente dell’Abbazia di Farfa. Il paese è più volte menzionato nel Regesto Farfense tra i possessi del monastero, dapprima soltanto come fundus o locus, e dal 1059 come castrum. A partire dal XII secolo si alternarono al governo del borgo molte famiglie romane: Orsini, Barberini, Sciarpa e Lante della Rovere.

La chiesa di Santa Maria del Colle, che ancora alla fine del Settecento era un edificio extraurbano, trova forse la sua prima menzione nel Regesto Farfense nel quale, fin dall’XI secolo, si parla di due chiese esistenti in Ponticelli e cioè quella di S. Barbara e quella di San Martino. Poiché nessuna di queste può essere identificata con la chiesa parrocchiale di San Nicola, costruita soltanto nel tardo Cinquecento, è legittima l’ipotesi, solo parzialmente suffragata dall’analisi delle strutture murarie, che una delle due possa costituire il primo nucleo di S. Maria del Colle.

Nel secolo XIV essa aveva funzioni parrocchiali ed era sede di un arciprete, come viene testimoniato dal Registrum Iurisdictionis Episcopatus Sabinensis. In seguito l’edificio sacro subisce un progressivo abbandono; nel 1606 perde il titolo di chiesa parrocchiale, trasferito, ad maiorem populi commoditatem, alla chiesa urbana di San Nicola di recente costruzione e conserva solo funzioni cimiteriali. Il Visitatore Apostolico del 1625 ne lamenta le pessime condizioni e sollecita una ristrutturazione della chiesa e del coemeterium… ecclesiae junctum, il quale, fino al tardo XIX secolo, si estendeva nel terreno adiacente.

La necessità di questi restauri e l’onere finanziario che ne conseguiva costituiscono, più tardi, la causa di una lunga disputa tra il clero e la comunità di Ponticelli, che si scaricano a vicenda le responsabilità. Il Visitatore Apostolico del 1780 prende nota delle varie fasi di questa contesa, a risolvere la quale il clero di Ponticelli compie ricerche sugli antichi documenti ancora disponibili e finisce con lo stabilire che Santa Maria era la primitiva chiesa del paese e per questa ragione spettava ai suoi abitanti assumersi la responsabilità delle necessarie riparazioni. Non si conosce l’esito di questa lite che, probabilmente, si trascinò fino a quando l’espansione del centro urbano nell’Ottocento la rese anacronistica perché tolse alla chiesa la sua caratteristica posizione di isolamento e le consentì di essere almeno regolarmente officiata.